陈云同志的党建思想深刻而丰富，是毛泽东建党思想和邓小平执政党建设理论的重要组成部分，无论过去、现在和将来，对党的建设都具有重要的指导作用。
陈云同志强调组织工作要适合政治路线的要求、保证政治路线的实行，深刻揭示了党的组织建设的基本规律。延安时期，中组部无论是抓干部的培养选拔、管理监督，抓各级领导班子的配备和思想政治建设、作风建设，还是抓党员发展和管理教育，抓各级党组织的组建、调整，都贯穿了党的政治路线的要求，紧紧围绕党的政治路线来进行。在贯彻执行党的政治路线中，他强调，既要正确了解党的政治路线，又要切实了解具体情况，避免“空谈”和“盲目”。
陈云同志强调选拔干部要“德才并重，以德为主”，坚持了党的干部路线，丰富了党的干部政策。陈云同志强调，选拔任用干部要以德才兼备为标准，更要注重于德，要确实提拔那些党性强、作风正派、敢于坚持原则的人。要注意五湖四海。他强调，要在实际工作中锻炼干部。领导干部要严格要求自己。党的十一届三中全会后，陈云同志较早地提出了培养选拔接班人这个关系党和国家前途、命运的重大问题，参与制定了干部队伍革命化、年轻化、知识化、专业化的方针。他还强调，要“了解人、气量大、用得好、爱护人”。
陈云同志十分重视教育和培养干部，强调领导干部要学好哲学，为提高领导水平奠定思想理论基础。陈云同志多次以自己学习哲学的切身体会教育干部，要学习马克思主义基本理论和毛泽东同志的哲学著作，努力掌握正确的思想方法和工作方法。他总是用自己的切身体会，教育党的领导干部学习哲学，运用“不唯上、不唯书、只唯实，交换、比较、反复”这样一个充满唯物辩证法的领导原则和工作方法。
陈云同志强调，各级领导干部要认真实行集体领导制度，按照民主集中制原则办事，对增进领导班子团结、提高战斗力起了重要指导作用。陈云同志一贯重视民主集中制的贯彻执行，特别是十一届三中全会后，鉴于党的历史经验教训，他多次强调，要恢复和坚持党的民主集中制的优良传统，各级领导班子都要实行集体领导制度；领导干部尤其是中青年干部要注意学会按民主集中制原则办事；要坚决维护党中央的权威。